Das Bayerische Landesamt für Umwelt in seiner jetzigen Form hat am 1. August 2005 seine Arbeit aufgenommen. An diesem Tag wurden drei der damaligen Landesämter – das Landesamt für Wasserwirtschaft, das Geologische Landesamt und das Landesamt für Umweltschutz – sowie Teile des damaligen Landesamts für Arbeitsschutz, Arbeitsmedizin und Sicherheitstechnik zusammengelegt.
Der Hauptsitz des LfU ist in Augsburg mit weiteren Dienststellen in Hof, Marktredwitz, Kulmbach, Bischofsheim an der Rhön, Karlshuld, Wielenbach, Garmisch-Partenkirchen, Nürnberg und München.